致病菌指常见的致病性微生物，能够引起人或动物疾病。据统计，我国每年由食品中致病菌引起的食源性疾病报告病例数占全部报告的40%到50%。GB 29921-2013《食品安全国家标准
食品中致病菌限量》于2013年12月26日发布，自2014年7月1日正式实施。该标准对控制食品中致病菌污染和预防微生物性食源性疾病具有划时代的意义。标准整合了500多项分散在不同食品标准中的致病菌限量规定，一定程度上解决了标准重复、交叉、矛盾或缺失等问题。
1.标准的定位
GB 29921属于通用食品安全国家标准。其他相关规定与本标准不一致的，应当按照本标准执行；其他食品标准中如有致病菌限量要求，应当引用本标准规定或与本标准保持一致。特别注意的是，部分在GB 29921实施前的行业标准、推荐性标准、食品安全国家标准或食品安全地方标准，如存在和GB 29921不一致的地方，应按照GB 29921执行。
比如，GB 19295-2011《食品安全国家标准 速冻面米制品》发布和实施在GB 29921-2013之前。该标准对生制品、熟制品的致病菌均有规定，而GB 29921中只对即食类食品规定了致病菌限量，而对生制速冻面米制品并无致病菌限量要求，使用标准时需遵从GB 29921的要求。
依据原国家卫计委于2014年3月发布的关于GB 29921的问答，由于蜂蜜、脂肪和油及乳化脂肪制品、果冻、糖果、食用菌等食品或原料的微生物污染的风险很低，参照国际食品法典委员会（CAC）、国际食品微生物标准委员会（ICMSF）等国际组织的制标原则，暂不设置上述食品的致病菌限量；本标准在实施过程中，根据风险监测和风险评估结果，适时修订增加相关食品类别。在GB 29921后发布的部分食品安全标准又规定了致病菌限量，如GB 7096-2014《食用菌及其制品》规定即食食用菌致病菌限量应符合GB 29921中即食果蔬食品类的规定；GB 17401-2014《膨化食品》规定了致病菌限量应符合GB 29921中熟制粮食制品类的规定。因此，在使用GB 29921标准时要特别注意与该标准实施前后的相关标准衔接问题，尤其注意GB 29921未纳入的食品品种。
2.标准的适用范围和主要内容
适用范围：
适用于预包装食品，不适用于散装食品（非定量包装或无包装），也不适用于餐饮自制食品。
广东省、香港等地发布过涉及散装即食食品的微生物控制标准或指引，包含多种指定食源性致病菌。其中广东规定了沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、单核细胞增生李斯特氏菌、副溶血性弧菌、大肠埃希氏菌O157的限量；香港规定了弯曲菌属、O157型大肠杆菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、志贺氏菌、李斯特氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌及其他凝固酶阳性葡萄球菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、蜡样芽胞杆菌共10种致病微生物的限量。国家卫生健康委2019年12月发布的《食品安全国家标准
散装即食食品中致病菌限量》征求意见稿，适用于散装即食食品，但不适用于餐饮食品，不适用于现制现售的散装即食食品（指制作后立即销售，食品所有组分均经彻底加热处理，中心温度至少达到了70℃且持续时间不少于1
分钟）。征求意见稿覆盖了沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、蜡样芽胞杆菌、副溶血性弧菌、产志贺毒素大肠埃希氏菌共6种致病菌，规定了相应的食品类别、限量要求和检验方法。
适用食品类别 ：
适用于肉制品、水产制品、即食蛋制品、粮食制品、即食豆类制品、巧克力类及可可制品、即食果蔬制品、饮料、冷冻饮品、即食调味品、坚果籽实制品等。上述食品均为即食食品。CAC对即食食品的定义为“通常是在未经加工的情况下食用，或任何经处理、加工、混合、煮熟或以其他方式制备成但通常无须经进一步加工而食用的食物（包括饮品）”；香港环境总署发布的《食品微生物含量指引》对即食食品的定义为“生产商或制造商提供的供人直接食用的食品，这些食品无须以烹煮或其他处理方法消除有关微生物或把有关微生物含量减少至可接受水平”。
标准中未规定的食品类别：
罐头类食品：应达到商业无菌的要求，因此未在该标准规定致病菌限量。但新征求意见稿考虑到目前执行商业无菌要求的产品不仅限于罐头食品，遂将GB 29921-2013的适用范围修改为“本标准适用于预包装食品，不适用于执行商业无菌要求的食品”。
包装饮用水、碳酸饮料：GB 29921中规定了饮料中致病菌限量，但明确规定包装饮用水、碳酸饮料除外。包装饮用水标准（GB 19298）中规定了大肠菌群和铜绿假单胞菌的限量要求；现行饮料标准（GB 7101）要求致病菌限量应符合GB 29921的规定。
乳与乳制品、婴幼儿食品以及特殊膳食食品：暂时按现行有效的对应产品安全标准执行，未纳入GB 29921-2013中。但国家卫健委于2019年12月发布的《食品安全国家标准 预包装食品中致病菌限量》（征求意见稿）将《婴儿配方食品》（GB 10765-2010）和《特殊医学用途婴儿配方食品》（GB 25596-2010）阪崎肠杆菌的限量要求进行了整合，并修改名称为克罗诺杆菌属。
保健食品：《食品安全国家标准 保健食品》（GB 16740-2014）规定微生物限量应符合 GB 29921中相应类属食品和相应类属食品的食品安全国家标准的规定, 无相应类属食品规定的应符合GB 16740-2014中表3的规定。
甜味料、蜂蜜及蜂蜜制品、发酵酒及其配制酒、脂肪和油及乳化脂肪制品、果冻及糖果等：因属于微生物风险较低的食品或食品原料，参照CAC、ICMSF等组织的制标原则，暂不对致病菌进行规定。
3.标准应用的原则和注意点
规范控制：无论标准是否规定致病菌限量，食品生产、加工、经营者均应采取控制措施，尽可能降低食品中的致病菌含量水平及导致风险的可能性。
规范采样：采样方案应严格按照GB 4789.1所述规定执行。
规范检验：致病菌检验应按照本标准引用的检验方法（GB 4789系列食品微生物学检验的食品安全国家标准）执行。
规范应用：注意与本标准实施前后标准的衔接和关联、标准的适用范围。